Злогласна НДХ створена је 10. априла 1941.
Под заштитом немачких окупатора у Загребу је 10. априла 1941. године проглашена усташка марионетска творевина „Независна Држава Хрватска“ фашистичког терористе Анте Павелића.
На радију је прочитан позив народу дотадашњег потпредседника југословенске владе Влатка Мачека да се покори њемачкој војсци и подржи усташе, које су одмах почеле терор над Србима, Јеврејима и Ромима. До јесени 1941. у Србију је протерано око 200.000 Срба, православни Срби су с благословом Ватикана и Римокатоличке цркве у Хрватској присилно прекрштавани, а најдрастичнији облик терора над Србима, Јеврејима и Ромима били су масовни покољи.
Само у Јасеновцу је усмрћено 700.000 људи. Та највећа „фабрика смрти“ у Другом светском рату на Балкану је „пуном паром“ радила од лета 1941. до краја априла 1945.
Усташе су добили немачку подршку за уклањање српског становништва. Један план из 1941. је обухватао размену становништва између Немачке и НДХ по ком би неколико десетина хиљада католичких Словенаца било депортовано из дела Словеније под немачком окупацијом и послато у НДХ где би требало да буду асимиловани у Хрвате. Заузврат, одговарајући Срба ће бити депортовано и послато у окрњену Србију. Немачке окупационе снаге су дозволике протеривање Срба у Србију, али уместо да шаљу Словенце у Хрватску, и њих су протерали у Србију. Укупно је око 300.000 Срба депортовано или побегло из НДХ у Србију до краја Другог светског рата.
Српски народ на подручју НДХ био је стављен изван закона. Од првог дана НДХ он је постао обесправљени објекат усташке страховладе. Против Срба било је све дозвољено, да се на овом подручју могу некажњено прогонити, мучити, злостављати, хапсити и убијати
Један од злочина био је и Покољ у глинској цркви 1941. године.
Масовна убиства Срба су се значајно смањила почетком 1943. Разлози су били јачање партизанског отпора, притисак Немаца који су због својих војних и привредних интереса вршили притисак на усташе ублаже своју политику, италијанско-четничка сарадња у подручјима под италијанском контролом, као и споразуми о толеранцији склопљених након пролећа 1942. између власти НДХ и неколико важних четничких одреда у БиХ као и споразуми склопљени након септембра 1943. између Немаца и четника
Августа 1944. министар спољних послова НДХ Младен Лорковић и министар рата Анте Вокић су покушали да изврше државни удар, збаце Павелића и преведу НДХ на страну антихитлеровске коалиције. Лорковић-Вокићев пуч није успео и завереници су на крају погубљени. НДХ ће до краја рата остати највернији немачки савезник у Европи.
До почетка 1945. војска НДХ се повукла ближе Загребу заједно са немачким и козачким војницима. Њих су надјачали партизани уз помоћ Црвене армије. У мају 1945. дугачка колона домобрана, усташа, Козака, четника и словеначких домобрана, уз бројне цивиле, се повлачила испред партизана према Италији и Аустрији. Акт о капитулацији Немачке је потписан 8. маја, али Немци и њихови колаборатори су наставили да пружају отпор надајући се британској заштити у окупираној Аустрији. Британска војска им није дозволила пролаз и предала их је партизанима, који су вршили одмазде над заробљеним квинслизима.
У међувремену, Анте Павелић се одвојио у од групе и преко Аустрије и Италије побегао у Перонову Аргентину, где је на њега извршен атентат који је преживео. После тога побегао је у Франкову Шпанију, где је и умро 1959. Наколико других чланова врха НДХ је заробљено у мају и јуну 1945. и осуђено на смрт или дугогодишње затворске казне.
