Zloglasna NDH stvorena je 10. aprila 1941.
Pod zaštitom nemačkih okupatora u Zagrebu je 10. aprila 1941. godine proglašena ustaška marionetska tvorevina „Nezavisna Država Hrvatska“ fašističkog teroriste Ante Pavelića.
Na radiju je pročitan poziv narodu dotadašnjeg potpredsednika jugoslovenske vlade Vlatka Mačeka da se pokori njemačkoj vojsci i podrži ustaše, koje su odmah počele teror nad Srbima, Jevrejima i Romima. Do jeseni 1941. u Srbiju je proterano oko 200.000 Srba, pravoslavni Srbi su s blagoslovom Vatikana i Rimokatoličke crkve u Hrvatskoj prisilno prekrštavani, a najdrastičniji oblik terora nad Srbima, Jevrejima i Romima bili su masovni pokolji.
Samo u Jasenovcu je usmrćeno 700.000 ljudi. Ta najveća „fabrika smrti“ u Drugom svetskom ratu na Balkanu je „punom parom“ radila od leta 1941. do kraja aprila 1945.
Ustaše su dobili nemačku podršku za uklanjanje srpskog stanovništva. Jedan plan iz 1941. je obuhvatao razmenu stanovništva između Nemačke i NDH po kom bi nekoliko desetina hiljada katoličkih Slovenaca bilo deportovano iz dela Slovenije pod nemačkom okupacijom i poslato u NDH gde bi trebalo da budu asimilovani u Hrvate. Zauzvrat, odgovarajući Srba će biti deportovano i poslato u okrnjenu Srbiju. Nemačke okupacione snage su dozvolike proterivanje Srba u Srbiju, ali umesto da šalju Slovence u Hrvatsku, i njih su proterali u Srbiju. Ukupno je oko 300.000 Srba deportovano ili pobeglo iz NDH u Srbiju do kraja Drugog svetskog rata.
Srpski narod na području NDH bio je stavljen izvan zakona. Od prvog dana NDH on je postao obespravljeni objekat ustaške strahovlade. Protiv Srba bilo je sve dozvoljeno, da se na ovom području mogu nekažnjeno progoniti, mučiti, zlostavljati, hapsiti i ubijati
Jedan od zločina bio je i Pokolj u glinskoj crkvi 1941. godine.
Masovna ubistva Srba su se značajno smanjila početkom 1943. Razlozi su bili jačanje partizanskog otpora, pritisak Nemaca koji su zbog svojih vojnih i privrednih interesa vršili pritisak na ustaše ublaže svoju politiku, italijansko-četnička saradnja u područjima pod italijanskom kontrolom, kao i sporazumi o toleranciji sklopljenih nakon proleća 1942. između vlasti NDH i nekoliko važnih četničkih odreda u BiH kao i sporazumi sklopljeni nakon septembra 1943. između Nemaca i četnika
Avgusta 1944. ministar spoljnih poslova NDH Mladen Lorković i ministar rata Ante Vokić su pokušali da izvrše državni udar, zbace Pavelića i prevedu NDH na stranu antihitlerovske koalicije. Lorković-Vokićev puč nije uspeo i zaverenici su na kraju pogubljeni. NDH će do kraja rata ostati najverniji nemački saveznik u Evropi.
Do početka 1945. vojska NDH se povukla bliže Zagrebu zajedno sa nemačkim i kozačkim vojnicima. Njih su nadjačali partizani uz pomoć Crvene armije. U maju 1945. dugačka kolona domobrana, ustaša, Kozaka, četnika i slovenačkih domobrana, uz brojne civile, se povlačila ispred partizana prema Italiji i Austriji. Akt o kapitulaciji Nemačke je potpisan 8. maja, ali Nemci i njihovi kolaboratori su nastavili da pružaju otpor nadajući se britanskoj zaštiti u okupiranoj Austriji. Britanska vojska im nije dozvolila prolaz i predala ih je partizanima, koji su vršili odmazde nad zarobljenim kvinslizima.
U međuvremenu, Ante Pavelić se odvojio u od grupe i preko Austrije i Italije pobegao u Peronovu Argentinu, gde je na njega izvršen atentat koji je preživeo. Posle toga pobegao je u Frankovu Španiju, gde je i umro 1959. Nakoliko drugih članova vrha NDH je zarobljeno u maju i junu 1945. i osuđeno na smrt ili dugogodišnje zatvorske kazne.
